台灣機能水協會依據2010年10月8日台灣內政部台內社字第0990202814號函准設立。

經台灣內政部對於台灣機能水協會發起人代表柯銘哲先生及各發起人所申請籌組「台灣機能水協會」乙案，依章程之規定

於2010年11月5日召開台灣機能水協會發起人會議及第一次籌備會會議

2010年11月26日召開第二次籌備會會議

籌備會歷經九個多月努力，終於，精誠所至，金石為開，台灣內政部於2011年1月准予台灣機能水協會正式成立，2011年4月6日台內社字第1000053136號函准予台灣機能水協會註冊立案。

當時成立台灣機能水協會，主要就是希望整合業界，集結業界菁英，提供更好的意見，更好的技術層面，一同制定我們協會水質的標準，為我們國人飲用水安全把關。

目前，台灣所飲用的水，從水庫透過自來水管線來到家中，在利用燒水主沸或淨水設備使水質更能受到保障，而這其實就是屬於機能水的一部分，讓天然水經由淨水處理，而轉化成為人能夠飲用的機能水，這其中包含了電解、添加物質或是高溫高壓的處理，這些有機水依照處理方式的不同，所產生的水型態，也大大不同。

淨水設備因應生活環境變化，進入到生活之中，已經是國際趨勢，而台灣過去對於淨水設備，卻沒有一個供消費者辨識淨水水質優劣的認證機制，台灣機能水協會於2011年創立之初，即積極投入推動與水質相關的WT(Water Taiwan)認證規章，讓消費者可以透過手機QRcode掃描標章確認水質狀況，使消費者有更安心的保障。

台灣機能水協會為協助所屬會員拓展國際市場，積極籌劃國貿展覽，鼓勵會員參加世界的展覽與其他國家交流，藉以向外傳遞產品資訊和企業自我宣傳，以期達到行銷之效。自2016年起，陸續參加國際貿易展覽，涵蓋印度、印尼、中國大陸、越南、荷蘭等地，積極拓展國際市場，與世界接軌。